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Cara tudo depende da narrativa que queres mostrar. Se pretende exibir, por exemplo, padrões de similaridades entre todos os pontos talvez consiga com um scatter plot. Mas pode ser que consiga a mesma coisa com gráficos mais simples. Seguindo no mesmo exemplo poderia rodar um algoritmo de clustering e exibir um gráfico de colunas mostrando o total de ocorrências em cada cluster.