Dmitrii Kriukovтекст ещё не в индексе
Кто-нибудь может применить этот протокол для червей? Какой предел жизни предскажет этот подход для C.elegans?
Шikolai IIIтекст ещё не в индексе
Не нашел в статье чего-то связанного с энтропией кроме названия. Это так и задумано?
Геннадий МузыкантовНе нашел в статье чего-то связанного с энтропией кроме названия. Это так и задумано?
Это надо у авторов спрашивать.
Я думаю, они были бы рады интересу
Sergei Vatolinтекст ещё не в индексе
Задача для аспиранта/магистранта.
подозреваю. выйдет 5000 лет😁😁😁😁
Шikolai IIIЭто надо у авторов спрашивать.
Я думаю, они были бы рады интересу
Ссылка
нажмите — покажем
нажмите — покажем
Так автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутациям роль первопричины. Как вы это прокомментируете?
- Мозг "отказывает" при потере 40% нейронов коры, разве это смерть? Клиника говорит что вроде это не так.
- Сердце: данные по инфаркту применены к модели на сотни лет, это корректно? в статье предполагается нулевое обновление, и там же ссылка на оборот кардиомиоцитов 0.5–1% в год. Это два взаимоисключения. Где истина?
- Экстраполировать соотношение из одной ткани в другую при принципиально разной биологии это нормально?
- Калибровка вредоносности откуда степень 6?
- Лямбда BG включает компоненты старения. Это не противоречие?
- Заголовок говорит "верхняя граница", но параметры подобраны на консервативную сторону. Это верхняя или нижняя граница?
- Какая когорта? Если начальная популяция 8 на 10^9, то S даёт 80 000 выживших, а не 1 и не 10. Это внутренняя несогласованность в определении МПЖ.
- В статье говорится: мутации необратимы, значит они ставят потолок в 146–194 года, и выше не прыгнешь. расчёт "146–194 года" верен только для мира, где никакой регенерации нет. А это сильное допущение, которое в заголовке статьи не оговорено.
Геннадий МузыкантовТак автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутаци
Привет!
- Наша модель не приписывает мутациям роль первопричины. Мы просто рассмотрели одну причину, на которую смогли оценить параметры модели. Причин скорее всего много, у них разный вклад. Хуже того, у разных видов одни и те же причины могут иметь разный вклад, поэтому видим слегка разный фенотип старения и гадаем над ним.
- В модели было принято, что это смерть. @GentlemanOfFate @fed20011 дополните меня?
- Пренебрегли самообновлением, такого предположение Model 2 - только смерть от мутаций.
- Это не от хорошей жизни, а от отсутствия данных. Перенос значения был единственной доступной опцией.
- Калибровка вредоносности @GentlemanOfFate помогай. Предварительно отвечу, что это результат фита.
- Не включает - по крайней мере мы считаем что не включает, нет противоречия.
- Про верхнюю границу не понял вопрос, можешь перефразировать?
- Там история была в том, что изначально мы хотел посчитать когда умирает последний, но эта величина зависит от размера выборки, поэтому рецензенты попросили посчитать квантили.
- выше не прыгнешь, при условии принятых предположений. У заголовка цель привлечь внимание к работе, а не методично перечислить все предположения модели, коих было намного больше.
Dmitrii KriukovПривет!
- Наша модель не приписывает мутациям роль первопричины. Мы просто рассмотрели одну причину, на которую смогли оценить параметры модели. Причин скорее всего много, у них разный вклад. Хуже того, у разных видов одни и те же причины могут иметь разный вклад, поэтому видим слегка разный феноти
Когнитивная смерть, не смерть тела. Люди с меньшим процентом нейронов находятся в плохом когнитивном состоянии при деменциях, хоть и живут, да
Dmitrii KriukovПривет!
- Наша модель не приписывает мутациям роль первопричины. Мы просто рассмотрели одну причину, на которую смогли оценить параметры модели. Причин скорее всего много, у них разный вклад. Хуже того, у разных видов одни и те же причины могут иметь разный вклад, поэтому видим слегка разный феноти
Круто, спасибо за ответы. Про верхнюю границу можно опустить, это не оч важное наблюдение.
Sergei VatolinКто-нибудь может применить этот протокол для червей? Какой предел жизни предскажет этот подход для C.elegans?
Тоже интересно, подобрать бы коэффициенты в модели.
Dmitrii KriukovПривет!
- Наша модель не приписывает мутациям роль первопричины. Мы просто рассмотрели одну причину, на которую смогли оценить параметры модели. Причин скорее всего много, у них разный вклад. Хуже того, у разных видов одни и те же причины могут иметь разный вклад, поэтому видим слегка разный феноти
А вы не делали анонсик и объяснение для простых людей где-нибудь в x или ещё где-то?
Dmitrii KriukovПривет!
- Наша модель не приписывает мутациям роль первопричины. Мы просто рассмотрели одну причину, на которую смогли оценить параметры модели. Причин скорее всего много, у них разный вклад. Хуже того, у разных видов одни и те же причины могут иметь разный вклад, поэтому видим слегка разный феноти
Всё так, результат фита (там есть ссылка на статью, которую использовали чтобы примерно прикинуть как фитить), причём консервативного - это одна из причин такого небольшого лайфспена в результате
Геннадий МузыкантовКруто, спасибо за ответы. Про верхнюю границу можно опустить, это не оч важное наблюдение.
Спасибо за вопросы! Очень приятно, что глубоко прочитал!
Геннадий МузыкантовА вы не делали анонсик и объяснение для простых людей где-нибудь в x или ещё где-то?
у меня нет платного аккаунта в х)
Sergei Vatolinтекст ещё не в индексе
Очень красивая бы проверка получилась, по крайней мере нижней границы
Геннадий МузыкантовТак автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутаци
Предполагаем, что в 30 лет компоненты старения, какими бы они не были, ещё не столь влияют на смертность, как в последующих возрастах. Буквально представляем, что смертность заморозили как сейчас у 30-летних (а она включает не только аварии и тд, также и болезни типа инфекций и даже ранних раков и прочих болезней, которых с возрастом становится больше - но они бывают и в 30)
Геннадий МузыкантовТак автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутаци
Заголовок скорее про то, что мутации создают потолок лайфспена, который существенно ниже, чем нестареющий потолок
А так да, параметры скорее консервативные - в первую очередь, p lethal высокая, ближе к её upper bound
Геннадий МузыкантовТак автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутаци
Вообще этот вопрос, заслуживает прям глубокой проработки, возможно даже семинара. Я, позволю себе дополнить ответ: "Корневая причина = потеря морфогенетической цели." - Феноменологичное утверждение, которое наверное помогает понять, но не дает никакой инструкции к действию. Мне намного комфортнее думать, в терминах тех же амилоидов, мутаций, ROS, укорочения теломер, то есть механистических причин старения. И уже им пытаться придавать вес, а не выдумывать новые обобщающие концепты.
Геннадий МузыкантовТак автор вроде тут. @shappiron привет. вопросы.
- Что вообще является корневой причиной старения мутации или потеря цели? Левин и ко говорят, что мутации, шум, сбои коммуникации это факторы ускорения, а корневая причина потеря морфогенетической цели. Если это так, то ваша модель приписывает мутаци
Дима написал про рецензентов, но там есть ещё нюанс в самой модели - так как мы используем семплинг Монте-Карло, то у нас образуется что-то типа порога чувствительности - число комбинаций параметров, которые мы выбираем при моделировании траекторий, это по сути число разных людей, и оно недостаточно большое чтобы делать расчёты с точностью до 1 человека из 8 миллиардов
Dmitrii KriukovВообще этот вопрос, заслуживает прям глубокой проработки, возможно даже семинара. Я, позволю себе дополнить ответ: "Корневая причина = потеря морфогенетической цели." - Феноменологичное утверждение, которое наверное помогает понять, но не дает никакой инструкции к действию. Мне намного комфортнее д
Ну как не даёт. Даёт.
Ответсообщение недоступно
@vatolabs доброго времени суток.
Сегодня заморочился с червями, по сути разобрал их по запчастям.
- Завершил построение возрастной транскриптомной сигнатуры на основе single-cell RNA-seq C. elegans.
- Выделил основные клеточные популяции (нейроны, мышцы, кишечник, гермлайн и др.) и выбрал наиболее репрезентативные кластеры для дальнейшего анализа.
- Построил псевдобалк-образцы и выполнил дифференциальный анализ экспрессии между молодыми и старыми животными.
- Обработал RNA-seq датасет (5 независимых режимов обработки).
- Для каждого режима получил собственную DESeq2-сигнатуру препарата.
- Сравнил сигнатуры с возрастной сигнатурой и рассчитал количественный показатель Transcriptomic Reversal Index, характеризующий степень обращения возрастных изменений.
- Определил наиболее эффективный режим воздействия одного вещества чтоб попробовать отмотать в молодой кластер.
Если хотя бы что-то получится, то можно перебрать ещё некоторые вещества.