Java Studio

Holaaa. Recien estoy aprendiendo y estoy viendo UML junto a java. Mi duda es que: cuando hago asociación entre 2 clases muchos a muchos, cada clase guarda un array de la otra clase. Ejemplo: un estudiante tiene muchas materias y una materia tiene muchos estudiantes. Y luego... ¿los objetos creados, estudiante y la materia, los guardo en un array correspondiente en el main() o hay que trabajarlos desde otra parte?