No es que vayan a desaparecer, @Rau17, no se enviarán las tuyas cuando hagas un git push. Y tienes que tener instalado git en tu ordenador para poder hacerlo. Las carpetas que ya están en el repositorio de GitHub habría que eliminarlas manualmente porque se subieron antes de tener un .gitignore válido, en el caso de quien las subió, con los archivos de netbeans