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Quelli che ho detto sopra.
GTK è la libreria di GNOME che nacque attorno Gimp, la libreria di KDE è Qt, nel limite del possibile meglio non mescolarle. GTK è scritta in C, sostanzialmente; Qt in C++.
Poi non muore nessuno se un'applicazione GTK finisce in KDE e viceversa una Qt in Gnome, ma nel limite del possibile secondo me è meglio ottenere quella coerenza di ambiente.